省部级研究机构：

生物活性材料教育部重点实验室

主任：杨志谋 

分子微生物学与技术教育部重点实验室

主任：刘斌

微生物功能基因组与检测技术教育部工程研究中心

主任：刘斌

天津市蛋白质科学重点实验室

主任：贡红日

天津市生物活性材料重点实验室

主任：王恺

天津市微生物功能基因组学重点实验室

主任：王 磊

学校非实体研究机构：

免疫学研究所

主任：曹雪涛

衰老与再生研究中心

主任：刘林

南开大学肿瘤生物学中心

主任：张鸿儒

徐荣祥再生生命科学中心

主任：孔德领

细胞应答交叉科学中心

主任：陈佺